Поражение крестноносцев от мамлюков под предводительством Салах ад Дина в 1187 году в Хаттине близ Тивериады имело своим результатом переход Иерусалима в руки Ислама, несмотря на то, что окончательно крестноносцы оставили Святую Землю только в 1291 году, потерпев поражение при Птолемаиде. Салах ад Дин, с уважением выполняя указ Омар Хаттаба, возвратил все Святые Места грекам, уступая, по воле неких вышестоящих персон, некоторые Святые Места в пользу монофизитов (односущностных) коптов и абиссинцев.  Позиция мамлюков  в отношении  Греческого Патриархата изменилась в начале XIV века,  и потянулись длительные гонения на Христиан, не пощадившие и Храм Воскресения, который при Патриархе Иоакиме (1431 – ) почти превратился в исламскую мечеть. В 1334 году за Иерусалим пришли  францисканцы, расположившись на горе Сион, одновременно увеличилось количество присутствующих якобитов и армян. Это противостояние спровоцировало прибытие многих грузинских и сербских православных монахов, что вместе усилило и греко-православное присутствие. Греки передали в управление грузинам Монастырь Честного  Креста, сербы получили  Монастырь Архангелов, принадлежащий Лавре Святого Саввы.

Падение Константинополя от турок в 1453 году и последующее абсолютное исчезновение официальной политической защиты стало причиной новых гонений. Патриарх Афанасий IV отправился в Константинополь и успешно добился указа султана (хати сериф)  Мухаммеда II  Завоевателя (1458), который по сути спасал от полного разрушения Святые Места и не прерывал возможености совершать паломничество Православным. Такие действия продолжил и Патриарх Григорий III (1468-1493), который успешно добился нового указа султана. Греческие священнослужители находились в унизительной бедности,  поворот же в сторону Завоевателя был невозможным, т.к.  это ухудшало отношения с мамлюками и, конечно, с латинянами.