Сокровища Святых Мест оставшиеся в неприкосновенности или подвергшиеся каким-либо разрушениями в тяжелые для христианства годы разбросаны по всей Святой Земле: Палестине и Иерусалиму, и находятся в Монастырях, Храмах, Лаврах, кельях. Ныне в музее Греко-Православного Иерусалимского Патриархата посетитель может лицезреть саркофаги, надгробные плиты,  светильники, барельефные изображения и некоторые скульптуры, монеты, шкатулки для хранения мощей, рукописи, иконы, триптихи, сосуды, кресты, оклады для Евангелия, богослужебные облачения, митры, великое множество серебряных, золотых и выполненных из других металлов церковных принадлежностей. Определенное количество предметов используется в храмах Патриархата во время богослужений. Огромное количество экспонатов находится в Монастырях, разбросанных по всей территории Святой Земли.

Из сохранившихся икон очень мало тех, оные дошли до нас со времен Византии. Большинство икон относятся к послевизантийскому периоду и к последним столетиям. Заслуживает внимания сохранившаяся и дошедшая до наших дней икона Крещения, написанная в византийский период, а именно в XIV веке. Одними из ценнейших экспонатов являются иконы патриарших мест и святыни Храма Воскресения, Храма Успения Пресвятой Богородицы в Гефсимании, Храма Рождества Христова в Вифлееме, Монастыря Святого Лазаря в Вифании, Монастыря Преображения на Горе Фавор, мужского Монастыря Честного Креста, Монастыря Святого Саввы и Монастыря Святого Георгия Хозевита.

Помимо икон в Патриархате, в Храме Воскресения и Монастырях хранятся и другие обрядовые предметы. Это: собрания мощей, оные становятся предметом поклонения и одновременно одной из целей прибытия паломников. В сокровищнице музея находится самая большая часть Честного и Животворящего Креста, перешедшая по наследству от Первой Христианской Церкви.

Отдельное сокровище Иерусалимского патриархата представляют собой примерно 1750 греческих рукописей византийского и послевизантийского периодов, оные представляют собой ядро Библиотеки, созданной усилиями Патриарха Никодима, собравшего все возможные экземпляры не тронутые пожарами и не украденные во время войн и беспорядков.